Quando você executa, sudo viminicia o vim como root. Isso significa que é o arquivo viminfo em / root que é o problema. Você deveria fazer rm /root/.viminf*.
Para certificar-se disso, executar sudo vime executar o comando: :!echo $HOME. Isso mostrará que seu diretório pessoal é / root.
Eu recomendaria que você não execute o vim como root, mas use sudoedit . Esta é uma solução mais segura, pois o editor não está sendo executado como root. Você nunca sabe o que um plug-in pode fazer. Além disso, ele permite que você use suas próprias configurações e plugins no vim e não os do root vimrc. sudoedité o mesmo que correr sudo -e. O sudoedit funciona criando uma cópia temporária do arquivo que pertence ao usuário que está chamando (você). Quando você termina de editar, as alterações são gravadas no arquivo real e o arquivo temporário é excluído.
Como regra geral: não execute as coisas como root se não for necessário.
ls .viminf*?