Sim, as distribuições são semelhantes, com as duas sendo definidas para satisfazer usuários mais experientes, e ambas pretendem ser rápidas e altamente personalizáveis. A semelhança mais técnica é que ambos são baseados no Linux Kernel.
Embora a maioria das funções possa parecer semelhante, as duas são diferentes de várias maneiras.
Aparentemente, a documentação do Gentoo é muito intimidadora para novos usuários, enquanto a documentação do Arch depende muito do lema do KISS (seja simples, estúpido).
Os gerenciadores de pacotes também são diferentes. O Arch Linux usa o Pacman (ou em alguns spins, como antergos, Pacman XG), que usa o bom sistema de pacotes pré-compilados, enquanto o Gentoo usa o gerenciador do Portage, que cria pacotes a partir do código-fonte .
Com a diferença nos gerenciadores de pacotes, uma distribuição pode ter menos pacotes preparados que a outra. Eu diria que o Arch teria uma seleção maior de pacotes em comparação com o Gentoo, mas a seleção de pacotes individuais também pode ser diferente.
No entanto, a maioria dos pacotes está disponível no código fonte. Assim, você pode construí-los facilmente para se adequar a qualquer gerenciador de pacotes que esteja usando.
(Se você estiver interessado, o gerenciador de portage do Gentoo possui muitos recursos que não estão disponíveis no pacman recém-instalado)
A popularidade é uma diferença. Embora você esteja interessado em ser original, a adoção do seu sistema operacional pode fazer uma grande diferença na sua experiência com o Linux. Principalmente em quantos arquivos você pode acessar fora do disco e em quantos tutoriais você deve procurar em momentos de necessidade.
De acordo com o distrowatch, o Arch Linux é o 8º em popularidade geral, enquanto o Gentoo está em 47º .
Embora a popularidade possa ajudar, isso pode não ajudar você a escolher facilmente uma distribuição. Eu não experimentei pessoalmente o Gentoo, poderia ser apenas um sistema operacional incrivelmente funcional e simples, enquanto o Arch havia subido muito mais com seu avanço.
O Gentoo possui uma boa variedade de desktops oficialmente suportados, do AfterStep e BlackBox, ao Gnome e Xfce. O Arch Linux suporta oficialmente principalmente os principais Desktops. (Provavelmente porque é popularmente adotado como um sistema de linha de comando).
Eu poderia listar muitas outras diferenças, mas, além das diferenças acima (e talvez outras), as distribuições são bastante semelhantes.