O objetivo é economizar muito tráfego.
O tarball do Linux tem cerca de 75 MB, enquanto os patches geralmente têm apenas alguns KB.
Portanto, se você compilar seu próprio kernel e atualizar para cada nova versão secundária no dia em que for lançado, em vez de baixar novamente um novo tarball de 75 MB para cada atualização secundária, basta baixar (por exemplo) o tarball principal de uma determinada versão uma vez e depois o patch para a versão que você realmente deseja. Quando há uma atualização, você reutiliza o tarball principal já baixado.
linux-3.14.tar.xz
+ patch-3.14.{1..n}.xz
está abaixo de 100 MB no total.
linux-3.14.tar.xz
+ linux-3.14.{1..n}.tar.xz
é várias vezes 100 MB.
Não há desvantagem no patch, o resultado final é idêntico, a menos que você faça algo errado.