Eu descobri. Estou escrevendo a configuração do lightDM ao configurar o login automático de qualquer maneira, e é aí que estou especificando o usuário, então a coisa certa é especificar o padrão do sistema ao mesmo tempo: wiki.ubuntu.com/LightDM#Changing_the_Default_Session
No entanto, quando esse bug for corrigido: https://bugs.launchpad.net/lightdm/+bug/1371710
Precisarei de uma maneira melhor de definir um padrão por usuário, pois o lightdm não será reconfigurado / reiniciado para cada usuário login automático.
Mais dados: com o lightDM, uma preferência na área de trabalho será pesquisada /var/lib/AccountsService/users/$USER
(sem bons documentos, mas alguns detalhes tentadores aqui ) e, se não encontrada, será pesquisada $HOME/.dmrc
( descrita aqui ). Quando um usuário efetua login e escolhe um DE, esses dois locais são preenchidos. Portanto, um script pode provisionar um desses locais (usando a interface DBus ou gravando diretamente no arquivo AccountService) para definir um padrão adequado para o usuário.