Os arquivos localizados /varsão muito críticos para o sistema. Por exemplo, /var/mailou /var/spool/mailcontém o email dos usuários; você não excluiria mais isso do que acenderia um incêndio na caixa de correio do seu vizinho. São apenas arquivos em determinados subdiretórios /varque contêm arquivos mais ou menos transitórios: arquivos de log /var/log, caches que geralmente podem ser recriados /var/cache, arquivos temporários (que você não deve excluir enquanto estiverem em uso!) /var/tmp.
Os dados /var/libpodem ser bastante críticos. Por exemplo, o MySQL geralmente é configurado para armazenar seus bancos de dados /var/lib/mysqlpor padrão: se você apagar isso, limpe seus bancos de dados. O Dpkg também coloca seus próprios bancos de dados /var/lib; /var/lib/dpkg/statusé um.
/var/lib/dpkg/statuscontém informações sobre pacotes instalados. Se você apagou isso, restaure-o a partir de um backup. Se o seu backup não estiver totalmente atualizado, verifique os logs das manipulações recentes de pacotes em /var/log/apte dentro /var/log/dpkg.log. Você precisará criar esse arquivo antes de dpkgfuncionar.
/var/lib/dpkg/availableé construído a partir de dados baixados da Internet. apt-get updatedeve reconstruí-lo.
/var/lib/dpkg/infocontém arquivos fornecidos com os pacotes Debian. Você pode restaurar esses arquivos simplesmente reinstalando os pacotes. Obviamente, você precisará de uma lista de pacotes instalados para isso. Se você restaurou /var/lib/dpkg/status, poderá extrair a lista de pacotes a partir daí.
apt-get install --reinstall $(</var/lib/dpkg/status sed -n 's/^Package://p')
Se você perdeu /var/lib/dpkg/status, poderá recriá-lo criando um arquivo vazio e executando apt-get install --reinstallna lista de pacotes. Um local em que a lista de pacotes também é salva é /var/lib/apt/extended_states, pelo menos se você já usou o APT para instalar pacotes (em vez de dpkgdiretamente) - use esse arquivo em vez de /var/lib/dpkg/statusint o comando acima. Se você também excluiu isso, poderá recriar uma lista aproximada de pacotes $(cd /usr/share/doc && ls), porque a maioria dos pacotes cria uma entrada /usr/share/doc. Provavelmente existem algumas exceções.
Não peça ajuda sobre gerenciamento de pacotes neste sistema. A recuperação da exclusão de arquivos críticos do sistema não é uma ciência exata. Se não conseguir restaurar a partir dos backups, instale um sistema novo e limpo o mais rápido possível.
/var/lib/dpkg/infoé muito importante. Você entendeu mal o FHS e o AFAIK os únicos caminhos de recuperação são (a) restaurar a partir do backup ou (b) reinstalar.