Super_Lé um chaveiro X. O TMux é executado em um terminal. Cabe ao seu emulador de terminal transformar um teclado em uma sequência de caracteres. Então você teria que configurar o seu emulador de terminal e o tmux.
Observando a documentação do tmux, o prefixo pode ser apenas um nome de chave conhecido com um modificador opcional. Assim, você pode definir o prefixo tmux para uma combinação de teclas que não usa, digamos M-F12, e fazer com que seu terminal envie a sequência de caracteres para M-F12quando você pressionar Super_L. Com um pouco mais de trabalho, você pode usar uma chave que o seu teclado provavelmente não tem (tmux aceita F13através F20de nomes-chave, mas eles têm de ser declaradas em terminfo).
No lado do emulador de terminal, você teria que organizar para Super_Lgerar a sequência de teclas \e\e[24~(for M-F12) ou \e[34~(for F20) (onde \eestá o caractere de escape). Como fazer isso depende do emulador de terminal (e alguns não são configuráveis o suficiente para fazê-lo). Com o xterm, isso é feito através dos recursos X:
! Make Super_L act as Meta+F12
XTerm.VT100.translations: #override \
<Key>Super_L: string("\033\033[24~")
Você pode encontrar um problema que Super_Lnormalmente é um modificador, e as teclas modificadoras nem sempre funcionam quando um não-modificador é necessário. Se você não quiser Super_Lser um modificador, poderá retirá-lo ou (menos confusamente) usar um keyym diferente para a chave física. Isso pode ser feito através do xmodmap (antiquado e simples de entender), do xkb (a maneira moderna, mal documentada, poderosa e complexa) ou talvez da ferramenta de configuração da GUI do ambiente de desktop.