Não sei se a sua versão do sedserá binária-limpa ou se engasgará com o que ela acha que são realmente longas filas em sua entrada, mas, salvo esses problemas, a edição da string no local deve funcionar. Para ver se existe, compare as versões antiga e nova com cmp -l. Deve informar se as únicas três diferenças entre os dois arquivos são ou não esses 3 bytes.
Editar cadeias de caracteres em um executável compilado realmente funcionará se as cadeias de caracteres tiverem o mesmo comprimento, mas quase sempre também funcionará se você estiver encurtando a cadeia, devido à maneira como as cadeias funcionam em C. Nas cadeias C, tudo depois do NULterminador não conta, portanto, se você escrever um novo NULterminador antes da posição do antigo, reduzirá efetivamente a string.
Em geral, não há como você prolongar uma string usando esse hack.
sed -i 's@longstring@foo@' a.out? Isso tornará o binário inteiro menor em 7 bytes. Isso não corromperá o binário?