O File System é uma metodologia para organizar e armazenar logicamente grandes quantidades de dados, de modo que o sistema seja fácil de gerenciar. um sistema de arquivos consiste em arquivos, relacionamentos com outros arquivos e os atributos (tipo de arquivo, nome do arquivo, tamanho do arquivo, proprietário do arquivo, registro de data e hora do arquivo) de cada arquivo.
Diretórios : por exemplo, o sistema de arquivos Unix é essencialmente composto por arquivos e diretórios. Diretórios são arquivos especiais que podem conter outros arquivos. o diretório mais alto é /(barra), com os diretórios diretamente abaixo dos diretórios do sistema.

/ Raiz do sistema de arquivos Linux
/bin Arquivos executáveis binários são mantidos aqui
/boot Os arquivos relacionados à inicialização são mantidos aqui
/dev Os arquivos do dispositivo são mantidos aqui
/etc Os arquivos de configuração em todo o sistema são mantidos aqui
/home Local para os diretórios pessoais de usuários regulares
/lib64 Bibliotecas para executáveis binários são mantidas aqui
/mnt Ponto de montagem temporário para DVD-Rom, unidade flash USB.
/optProgramas opcionais são instalados aqui, como Arquivos de Programas no Windows
/proc Pseudo sistema de arquivos do kernel
/root Diretório inicial da raiz do superusuário
/sbin Os arquivos executáveis binários do sistema são mantidos aqui
/tmp Os arquivos temporários são mantidos aqui
/usr Sistema de Arquivos do Usuário
/var Arquivos variáveis são mantidos aqui
/srv é uma pasta de veiculação, contém dados específicos do site que são veiculados por este sistema.
src e para mais
Os dois diretórios a seguir são diretórios definidos pelo usuário:
/home/abc/xyzdir1 --is a directory
/home/abc/xyzdir2 -- is a directory
/proc,/e/binde seus exemplos), então não estou claro como você deseja identificar a "diferença".