Respostas:
O changesPlugin parece funcionar muito bem para esse tipo de coisa.
http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=3052
Uma vez instalado, basta executar :EC
depois de fazer alterações em um arquivo.
Eu sugeriria o uso de um sistema de controle de revisão, como CVS, Mercurial ou Subversion (etc.). Todos eles vêm com a capacidade de comparar a cópia de trabalho de um arquivo com o que foi verificado pela última vez no repositório por você ou seus colegas de trabalho.
:changes
comando no Vim para ver se está fazendo o que você quer que ele faça.
vimdiff
com um backup do original e talvez apenas ocultar a janela que mostra o original? Não sei se isso vai funcionar, mas pode valer a pena dar uma olhada.