Pessoalmente, eu uso gnome-do
para esse tipo de coisa. Sim, é mono e algumas pessoas não gostam disso, mas se você digitar um comando. ele é executado e quando se trata de executar aplicativos GUI, é uma maneira muito rápida de acioná-los. Como o gnome-do tem tantos plugins, muitas das ações que eu normalmente executava via alt + F2 (como montar algo rapidamente) eu posso simplesmente fazer através do gnome-do: digito "mo" e ele já sabe que provavelmente deseja montar algo e me oferece os sistemas de arquivos que defini que ainda não montei (apenas como exemplo).
Se você não gosta do mono, existe um aplicativo chamado "kupfer", que faz coisas semelhantes escritas em Python, mas não possui todos os recursos que o gnome-do possui.
Quando eu quero executar comandos shell "reais", tendem a abrir um terminal.