TL; DR
Sim, isso é esperado, porque o MySQL Workbench é um produto Oracle e não suporta oficialmente o MariaDB, que na verdade é um concorrente do MySQL. O Workbench avisa sobre possíveis incompatibilidades, não necessariamente detectadas. Na maioria dos casos, pode ser ignorado com segurança.
Detalhes
O artigo da base de conhecimentos MariaDB sobre compatibilidade com MySQL descreve o melhor relacionamento (ênfase minha):
Para todos os fins práticos, o MariaDB é uma gota binária em substituição da mesma versão do MySQL (por exemplo, MySQL 5.1 -> MariaDB 5.1, MariaDB 5.2 e MariaDB 5.3 são compatíveis. O MySQL 5.5 é compatível com MariaDB 5.5 e também na prática com MariaDB 10.0) . O que isto significa é que:
- Os arquivos de dados e de definição de tabela (.frm) são compatíveis com binários.
- Veja a nota abaixo para uma incompatibilidade com visualizações!
- Todas as APIs, protocolos e estruturas do cliente são idênticos. Todos os nomes de arquivos, binários, caminhos, portas, soquetes e etc ... devem ser os mesmos.
- Todos os conectores MySQL (PHP, Perl, Python, Java, .NET, MyODBC, Ruby, conector MySQL C etc.) funcionam inalterados com o MariaDB.
- Existem alguns problemas de instalação no PHP5 que você deve estar ciente (um erro na forma como o antigo cliente PHP5 verifica a compatibilidade da biblioteca).
- O pacote mysql-client também funciona com o servidor MariaDB.
- A biblioteca cliente compartilhada é binária compatível com a biblioteca cliente do MySQL.
Isso significa que, na maioria dos casos, você pode desinstalar o MySQL e instalar o MariaDB e pronto. (Não é necessário converter nenhum arquivo de dados se você usar a mesma versão principal, como 5.1). Você ainda deve executar o mysql_upgrade para concluir a atualização. Isso é necessário para garantir que suas tabelas de privilégios e eventos mysql sejam atualizadas com os novos campos que o MariaDB usa.
Fazemos mesclagens mensais com a base de código do MySQL para garantir a manutenção de nossa compatibilidade e obter todos e quaisquer recursos e correções de bugs que a Oracle acrescenta.
Tudo isso dito, existem algumas incompatibilidades que podem ou não afetá-lo. O artigo vinculado da KB possui uma seção sobre incompatibilidades conhecidas entre diferentes versões do MySQL e MariaDB. Consulte a seção da sua versão do MariaDB para obter notas que podem afetá-lo.