Não tenho certeza se o instalador faz isso por padrão, mas se (quando o sistema for inicializado) você executar:
# dpkg-reconfigure -plow grub-pc
basta pressionar enter até que você seja solicitado a "dispositivos de instalação do GRUB" e, em seguida, poderá selecionar os MBRs de ambas as unidades.
Aqui está uma captura de tela da tela relevante no Debian Jessie (8.3), com a versão GRUB2 2.02~beta2-22+deb8u1. Isso mostra a configuração do meu computador, que possui duas unidades ( /dev/sdae /dev/sdb) em uma configuração RAID 1 ( /dev/md1) e duas outras unidades ( /dev/sdce /dev/sdd) em uma configuração RAID 1 ( /dev/md0).
