Paralelizando um loop for

Eu quero paralelizar os forloops do código a seguir. Como fazer isso?

#!/bin/bash
N=$1 
n=$2
for (( i=1; i<=$N; i++ )); do
  min=100000000000000  //set min to some garbage value
  for (( j=1; j<=$n; j++ )); do
    val=$(/path/to/a.out)
    val2=`echo $val | bc`  

      if (( $val2 < $min )); then
        min=$val2; 
      fi
  done
  arr=("${arr[@]}" "$min")
done

#!/bin/bash
# set -x # debug version
N=${1:-123}
n=${2:-45}
workers=${workers:-${3:-10}}
((workers < 1)) && ((workers = 1))
((workers > 20)) && ((workers = 20))

((min=100000000000000))  #set min to some garbage value

work() {
  for i in ${*}; do
    for (( j=1; j<=${n}; j++ )); do
      val=$(/path/to/a.out)
      val2=$(echo ${val} | bc)
      (( val2 < min )) && (( min = val2 ));
    done
    echo ${min}
    # # debug version
    # echo ${i} ${j} ${min}
  done
}

# --
arr=($(
  seq ${N} | xargs -n$[N/workers + 1] | while read i; do
    work ${i} &
  done
  wait
))
echo ${arr[*]}
# --

# # debug version
# seq ${N} | xargs -t -n$[N/workers + 1] | while read i; do
#  work ${i} &
# done
# wait

Sempre use trabalhadores ao gerar um número parametrizado de processos e limite o número máximo de trabalhadores que podem gerar .

xargs -n | while read é um meio simples de iterar listas em lotes.

• seq cria uma lista de números de 1 a N.
• xargs -n divide essa lista em N / trabalhadores + 1 lotes.
  • por exemplo, N = 100 trabalhadores = 10 produzirá 10 linhas de até 11 números de 1 a 100.
• while read i lê cada linha de números.
• work ${i} &apenas chama a workfunção com ${i}lote de números.

Para depurar, adicionei o código de depuração comentado. Basta substituir o echocom a versão de depuração e o código entre # --com a versão de depuração e você poderá ver como ele funciona em lotes. Remova o comentário set -xpara uma saída de depuração mais detalhada que você pode querer redirecionar para um arquivo.

Basta executar a versão de depuração com parâmetros diferentes para ver como ela funciona:

parallel.sh 223 5 1
parallel.sh 223 5 5
parallel.sh 223 5 10
parallel.sh 223 5 20

Isenção de responsabilidade: este código não sincroniza o minvalor entre os processos de trabalho. Obter o valor mínimo não é um exercício horrível. Isso provavelmente fará:

parallel.sh 223 5 20 | tr ' ' '\n' | sort -n | head -1

Ou apenas adicione o mesmo ao próprio script:

echo ${arr[*]} | tr ' ' '\n' | sort -n | head -1

Usando o GNU Parallel:

#!/bin/bash

N=$1
n=$2

arr=($(
# Generate all combinations of 1..n and 1..N
parallel -k --tag /path/to/a.out {1} {2} '|' bc :::: <(seq $N) <(seq $n) |
  perl -ane 'BEGIN{$min=1e30} $last||=$F[0]; if($F[0] != $last) {print $min,"\n";$min=1e30;$last=$F[0]} $min = $F[2]<$min ? $F[2] : $min; END {print $min,"\n"}'
))
echo ${arr[*]}

Isso será executado /path/to/a.outem cada CPU. A saída será como:

1 1 19269
1 2 6158
1 3 2794
1 4 25104
2 1 13160
2 2 32683
2 3 12535
2 4 15197
3 1 8228
3 2 7673
3 3 8428
3 4 24463

O script perl examina a primeira coluna e encontra o mínimo na terceira coluna que possui a mesma primeira coluna.

Você pode instalar o GNU Parallel simplesmente:

wget http://git.savannah.gnu.org/cgit/parallel.git/plain/src/parallel
chmod 755 parallel

Assista aos vídeos de introdução para saber mais: https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1