Não funciona, pois esse é um dos gnome-shellatalhos padrão . Então, gnome-shell na verdade, pegue-o, mesmo que você o defina para executar alguma ação personalizada. Você precisará removê-lo primeiro da lista de atalhos padrão - a maneira mais fácil é através do terminal com gsettings:
gsettings set org.gnome.shell.keybindings toggle-message-tray "['<Super>v']"
Alternativamente, se você preferir fazê-lo via gui, fogo-se dconf-editor:
no painel esquerdo, navegue até org> gnome> shell> keybindingsem seguida, no painel direito, clique direito sobre toggle-message-traye escolha customize:

uma nova janela será exibida: alterne Use default valuepara OFF :

edite o valor personalizado, removendo-o , '<Super>m'para que ele leia: ['<Super>v']e pressione Aplicar .
Reinicie seu shell com Alt+ F2e rdepois Enter(ou faça o logout e o login). Você poderá usar seu atalho personalizado Super+ M.