Estou convencido de que esse problema é um erro de empacotamento no pacote Supervisor no Ubuntu 16.04 e parece ter sido causado pela mudança para systemd:
Esse problema já foi relatado a montante no rastreador de problemas do projeto Supervisor (onde nada pode ser corrigido) na edição 735 .
Fui mordido por esse problema há alguns dias atrás e fiquei surpreso ao descobrir que esse problema nunca foi relatado aos mantenedores de pacotes, mesmo que o Ubuntu 16.04 tenha sido lançado há algum tempo e isso quebre a compatibilidade com as versões anteriores e o comportamento esperado. Por isso, decidi relatar esse problema aos mantenedores de pacotes no bug 1594740 .
Documentei uma solução simples no bug 1594740 que não requer a criação de nenhum arquivo de configuração - você só precisa ativar e iniciar o daemon Supervisor após a instalação do pacote:
# Make sure Supervisor comes up after a reboot.
sudo systemctl enable supervisor
# Bring Supervisor up right now.
sudo systemctl start supervisor
Não tenho tanta certeza de que isso será corrigido no Ubuntu 16.04, mas pelo menos agora existe um local central para coletar reclamações e documentar soluções alternativas (no bug 1594740 , não no problema 735 ).
Se alguém foi mordido por esse problema, considere expressar sua preocupação no bug 1594740 para convencer os mantenedores de pacotes a corrigir esse problema. Obrigado!
Atualização (24-03-2017): Ontem foi lançada uma correção para esse problema para xenial-updates como resultado do bug 1594740, para que novas instalações não sejam mais executadas para esse problema.