Não posso lhe dar uma recomendação final, mas posso compartilhar algumas idéias sobre o assunto. Como o / etc geralmente é pequeno, você pode optar por uma solução simples de tar-ball compactada. Se você dificilmente precisar passar pela história, talvez seja a solução mais fácil de configurar.
Para mim, seria tedioso gerenciar volumes lógicos apenas para acompanhar / etc e, especialmente, não acho que os snapshots do LVM foram projetados para serem criados regularmente como meio de backup de uma quantidade relativamente pequena de dados.
O btrfs me parece muito melhor equipado para isso, mas ainda não é tão estável quanto, por exemplo, o ext {2,3,4} e a ferramenta fsck também não está pronta ainda. Mas melhora continuamente.
Pessoalmente, na verdade, eu uso o git para rastrear o / etc, mas você deve ter em mente que o git não armazena as metainformações dos arquivos, como propriedade ou permissão! E também verifique se o diretório .git tem a permissão correta. Existem algumas ferramentas que ajudam com esses problemas. Você pode dar uma olhada no etc-keeper , que foi desenvolvido exatamente para acompanhar o / etc ou usar pelo menos algo como gitperms ou metastore para rastrear as metainformações.