É incomum encontrar o Apache executando como rootem qualquer configuração de estoque. Como você determinou que o Apache está sendo executado como root? Observe que o Apache deve ser iniciado como root para se conectar a portas privilegiadas, mas normalmente perde seus privilégios mais tarde.
Você pode procurar na configuração do Apache (geralmente em /etc/httpdou /etc/apache2, dependendo da sua distribuição) as diretivas Usere Group(documentadas aqui ). Essas duas diretivas controlam sob qual ID de usuário o Apache executa.
Também é incomum encontrar um sistema que "não tenha outros grupos ou usuários". O que fazer getent passwde getent groupmostrar? Realmente não existem outros usuários ou grupos root? A maioria das distribuições navio com um apacheou www-datautilizador ou somesuch e uma configuração correspondente que vai executar o Apache como esse utilizador.
Há uma variedade de guias introdutórios disponíveis para configuração e segurança do Apache. Uma simples pesquisa no Google gera muitos resultados com aparência provável. O RedHat / CentOS Deployment Guide é um bom lugar para começar (se você estiver em um sistema RedHat / CentOS).