Eu uso principalmente o pdftk. Mas aqui estão alguns outros a serem considerados:
pdfsam (PDF Split and Merge) : "pdfsam é uma ferramenta de código aberto (licença GPL) projetada para lidar com arquivos pdf"
PDFJam "Uma pequena coleção de scripts de shell que fornecem uma interface simples para grande parte da funcionalidade do excelente pacote de arquivos PDF para páginas pdf (de Andreas Matthias) para pdfLaTeX ." (Você também pode usar o pdfLaTeX diretamente.)
jPDFTweak : "O jPDF Tweak é um aplicativo Java Swing que pode combinar, dividir, girar, reordenar, marca d'água, criptografar, assinar e alterar arquivos PDF."
Inkscape: é um editor de gráficos vetoriais que pode importar páginas PDF em seu formato SVG nativo e também exportar como PDF.
Calibre: software de gerenciamento de e-book de código aberto que pode converter PDFs para outros formatos e manipulá-los de outras maneiras. Vem com ferramentas de linha de comando, como pdfmanipulate, que podem ser úteis.
É claro que o Ghostscript também pode fazer muitas coisas com arquivos PDF.