[lib]popplerrecentemente ganhou suporte para as anotações definidas nas especificações mais recentes do Adobe PDF, e isso foi implementado em evince. Infelizmente, ainda faltam alguns recursos, como a capacidade de excluir anotações (IIRC, isso ocorre devido à falta de suporte de poppler, não evince), e tive alguns problemas ao editar comentários já existentes (mas não tive tempo para depurar estes corretamente).
Portanto, por um lado, evincetem, por meio poppler, suporte para anotações em PDF padrão incorporadas, a OTOH disse que o suporte ainda não é perfeito.
Isso também significa que outras ferramentas utilizadas popplerpodem obter esse tipo de recurso em um futuro próximo.
Uma coisa que você pode achar irritante é a falta de um recurso "salvar". Isso me deixa louco, tendo que usar "Salvar como" toda vez que quero salvar uma cópia das anotações (usei janelas (não-NT) há alguns anos atrás, então ainda tenho, de vez em quando, esse forte desejo de salve meu trabalho com frequência) - mas, de qualquer maneira, o evince se destina a ser um visualizador, não um editor, então aplicar "Salvar como" é realmente a maneira de encaixar isso na metáfora da interface do usuário.
Sobre a portabilidade, dependendo de onde você vá, talvez seja suficiente se a ferramenta permitir que você pegue a "camada de anotação". Lembro-me de percorrer uma ferramenta de anotação em camadas para postscript há muitos anos (e na época já era um código antigo, o que precisaria de algum trabalho para ser construído) - se eu conseguir o tempo e me encontrar precisando de ferramentas de anotação em PDF / postscript novamente, Eu posso cuidar disso para que eu possa invadir ...
okular. Mas enfrentará o mesmo problema de camadas.