Respostas:
Isso porque o terminal "padrão" no i3 não é realmente um terminal que ele inclui, ele chama um dos poucos emuladores de terminal comumente instalados como xterm e urxvt, incluindo o gnome-terminal:
O que acontece quando você executa o i3-sensible-terminal na linha de comando?
Edit: você não pode abrir QUALQUER terminal via dmenu? Enquanto o binário estiver no seu $ PATH, ele deverá abrir, independentemente.