Pessoalmente, evito definir aliases com os mesmos nomes dos comandos, portanto, lssempre invoco o comando real. Eu tenho aliases ou funções para várias combinações de opções como l, ll, e lg. (Isso significa que eu preciso unalias lsno meu .bashrcou .cshrc.)
Acho que as suposições do SO sobre quais opções eu prefiro (substituindo as suposições dos projetistas do lspróprio comando) raramente correspondem aos meus gostos pessoais. Por acaso, não gosto do visual ls --color=auto, e sua legibilidade pode variar muito entre preto e branco e branco e preto.
YMMV, e as outras soluções ainda são boas de saber.