As diferenças estão documentadas em detalhes na página de cron(8)manual do Debian. A principal diferença é que ela /etc/cron.dé preenchida com arquivos separados, enquanto crontabgerencia um arquivo por usuário; é, portanto, mais fácil gerenciar o conteúdo do /etc/cron.duso de scripts (para instalação e atualizações automatizadas) e mais fácil gerenciar crontabusando um editor (para os usuários finais, na verdade).
Outras diferenças importantes são que nem todas as distribuições suportam /etc/cron.de que os arquivos /etc/cron.dprecisam atender a um certo número de requisitos (além de serem trabalhos cron válidos): eles devem ser de propriedade do root e devem estar de acordo com run-partsas convenções de nomenclatura ( sem pontos , apenas letras, dígitos, sublinhados e hífens).
Se você está pensando em usar /etc/cron.d, é geralmente vale a pena considerar um dos /etc/cron.hourly, /etc/cron.daily, /etc/cron.weekly, ou /etc/cron.monthlyem seu lugar.