Respostas:
Para alterar o gerenciador de arquivos padrão, você pode editar o arquivo ~/.local/share/applications/mimeapps.list
Não sei como especificar thunar, mas para usar nemo sobre nautilus, faço isso:
thomas@localhost ~> cat .local/share/applications/mimeapps.list
[Added Associations]
inode/directory=nemo.desktop;
Além disso, se você estiver curioso para saber por que o gerenciador de arquivos errado foi iniciado, se você clicar no ícone de uma pasta, verifique o comando real que o iniciador inicia.
Depois de resolver os problemas (ver comentários), você também precisa procurar no arquivo
/usr/share/applications/mimeinfo.cache
lá você pode alterar o gerenciador de arquivos também:
inode/directory=nautilus.desktop
inode/directory=nemo.desktop
update-alternatives
,/usr/share/applications/mimeinfo.cache
/usr/share/applications/mimeinfo.cache
fez o truque. Alterei a linha inode/directory=nautilus.desktop
para inode/directory=nemo.desktop
e agora o Nemo é aberto por padrão.
Na seção Gnome do Arch Linux Wiki :
Você pode induzir o GNOME a usar outro navegador de arquivos editando a linha Exec em /usr/share/applications/nautilus.desktop. Veja os parâmetros corretos no arquivo .desktop do gerenciador de arquivos de sua escolha, por exemplo:
/usr/share/applications/nautilus.desktop
[...]
Exec=thunar %F
OR
Exec=pcmanfm %U
[...]
A resposta aceita não funcionou para mim. Eu tive que correr:
exo-preferred-applications
Na guia Utilitários, há uma seleção para o Gerenciador de Arquivos.