O APT sempre instala a versão mais recente que não é excluída por preferências . As preferências são indicadas no arquivo /etc/apt/preferences(e nos arquivos abaixo /etc/apt/preferences.d).
Alguns repositórios têm uma configuração que impede que seus pacotes sejam instalados automaticamente. Por exemplo, os backports do Debian possuem arquivos de liberação (que você pode ver em /var/lib/apt/lists) que contêm
NotAutomatic: yes
ButAutomaticUpgrades: yes
Se você tiver várias fontes para exatamente o mesmo pacote (ou seja, mesmo nome do pacote, mesmo número de versão), o APT será baixado da primeira fonte encontrada em /etc/apt/sources.list(ou /etc/apt/sources.list.d/*; os arquivos são pesquisados em ordem lexicográfica e as fontes são pesquisadas em ordem dentro de cada Arquivo). Então, liste os espelhos locais primeiro. A ordem em sources.listé irrelevante para pacotes com um número de versão diferente.
sources.list.d(e seus subdiretórios)?