rooto usuário pode gravar em um arquivo mesmo que suas writepermissões não estejam definidas.
rooto usuário pode ler um arquivo mesmo que suas readpermissões não estejam definidas.
rooto usuário pode cd entrar em um diretório, mesmo que suas executepermissões não estejam definidas.
rooto usuário não pode executar um arquivo quando suas executepermissões não estão definidas.
Por quê?
user$ echo '#!'$(which bash) > file
user$ chmod 000 file
user$ ls -l file
---------- 1 user user 12 Jul 17 11:11 file
user$ cat file # Normal user cannot read
cat: file: Permission denied
user$ su
root$ echo 'echo hello' >> file # root can write
root$ cat file # root can read
#!/bin/bash
echo hello
root$ ./file # root cannot execute
bash: ./file: Permission denied