Respostas:
NÃO configure para algo como:
set -g history-limit 999999999
Isso pré-alocará muitas linhas (e, portanto, memória) para todas as janelas, o que prejudicará sua máquina quanto mais histórico for armazenado ao longo do tempo.
Defina-o como algo grande, por todos os meios, mas NÃO TÃO grande.
Pelo que sei, você só pode fazer isso de maneira "prática", estabelecendo a história em um número absurdamente grande. por exemplo:
set -g history-limit 999999999
ATUALIZAÇÃO: veja a outra resposta sobre por que você não deseja usar um número tão alto. Algo mais razoável (menos 9's) seria melhor.
ATUALIZE novamente: talvez a pré-alocação não ocorra. O comentário do @Volker Siegel na outra resposta indica que definir o valor não causa alocação de memória.