A simples interpretação:
Na primeira linha que contém pelo menos uma ocorrência de PATTERN, você deseja ignorá-la e imprimir a linha como está. Na segunda linha que contém pelo menos uma ocorrência de PATTERN, você deseja substituir a primeira instância de PATTERN por REPLACEMENT. Na terceira linha que contém pelo menos uma ocorrência de PATTERN, você deseja imprimir a linha como está. Na quarta linha que contém pelo menos uma ocorrência de PATTERN, você deseja substituir a primeira instância de PATTERN por REPLACEMENT. E assim por diante. As linhas que não correspondem ao PADRÃO devem ser impressas sem alterações.
Isso pode ser feito facilmente com o Sed, da seguinte maneira:
sed -e '/PATTERN/ { :inside' -e 'n;s//REPLACEMENT/;t' -e 'b inside' -e '}'
Ou, com menos espaço em branco e um rótulo mais curto:
sed -e '/PATTERN/{:i' -e 'n;s//REPLACEMENT/;t' -e 'b i' -e '}'
Edição: Acabei de reler a pergunta e vi a interpretação mais difícil:
Substitua a segunda ocorrência de PATTERN no documento inteiro por REPLACEMENT, se ela ocorre na mesma linha da primeira ocorrência ou não. Deixe a primeira e a terceira ocorrências inalteradas. Etc.
Acredito que isso possa ser feito com o Sed também, embora seja MUITO mais complicado e acredito que depende da expressão regular a ser usada. Vou tentar resolver alguma coisa e publicá-la, mas deixarei que esta resposta permaneça com a versão simples acima, por enquanto.
sed -e 'n;s/2004-2009/6e législature/g'
que resolveu meu problema.