Você pode usar rpm -qf /bin/ls
para descobrir a qual pacote sua versão instalada pertence:
[09:46:58] ~ $ rpm -qf /bin/ls
coreutils-8.5-7.fc14.i686
[09:47:01] ~ $
Atualização: De acordo com o seu comentário, o seguinte deve funcionar se você quiser apenas o nome do pacote (eu só tive a chance de testar):
[01:52:49] ~ $ rpm -qf /bin/ls --queryformat '%{NAME}\n'
coreutils
[01:52:52] ~ $
Você também pode usar dnf provides /bin/ls
para obter uma lista de todos os pacotes de repositório disponíveis que fornecerão o arquivo:
# dnf provides /bin/ls
Last metadata expiration check: 0:17:06 ago on Tue Jun 27 18:04:08 2017.
coreutils-8.25-17.fc25.x86_64 : A set of basic GNU tools commonly used in shell scripts
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Repo : fedora