Respostas:
A principal diferença é que o Helm pode mostrar conclusões de várias fontes (por exemplo, arquivos, buffers, favoritos, etc., dependendo de como você o configura). Para não precisar chamar comandos diferentes para abrir coisas diferentes, você pode acessá-los a partir de um comando comum.
Além disso, ido não é muito bom para conclusões em que os itens possíveis são longos, porque o minibuffer não é muito adequado para exibir itens mais longos.