Ao comparar arquivos e atualizar um repositório de código-fonte, eu gosto de usar o vimdiff. Para copiar as alterações feitas de um arquivo para outro, geralmente uso uma sequência de teclas como esta: -
Shift + V (select line)
k or j; { or }; Up or down arrow keys (select more lines)
y (copy selected lines)
Ctrl + w, left/right arrow (move to other pane)
p (paste lines)
O Vim, sendo o mestre dos atalhos de teclado, certamente deve ter uma maneira mais fácil de executar a mesma tarefa. Existe um? O que você usa para atualizar manualmente as alterações no código-fonte?