Edite /etc/gdm/custom.conf
e adicione ou altere a Exclude
diretiva na [greeter]
seção:
[greeter]
Exclude=nobody,alice,bob
Usuários alice
e bob
não serão mostrados na lista na tela de login, mas ainda poderão fazer login digitando seu nome e senha (se eles tiverem uma senha).
Veja mais detalhes em Como ocultar usuários da tela de login do GDM?
(é principalmente independente da distribuição - alguns detalhes podem mudar, por exemplo, arquivos podem estar localizados em locais diferentes, e o limite para usuários do sistema é de 500 na maioria dos derivados da Red Hat, mas 1000 na maioria dos derivados da Debian).