Descobri que não há uma especificação muito bem documentada sobre onde exatamente quais arquivos de configuração vão no apache. Especialmente porque eles mudaram recentemente como o padrão o faz. Você instalou da fonte ou de um pacote? Pacotes, especialmente pacotes debian, parecem não seguir a fonte do apache.
Já faz um tempo desde que eu fiz muito com o apache, mas se bem me lembro, conf.d / é onde você colocaria o carregamento dos módulos daemon como o que você postou, ou ffi ou coisas assim.
Enquanto conf / é onde os arquivos de configuração específicos do site vão.
É assim que é o meu, é instalado a partir da fonte.
% ll /opt/apache2
drwxr-xr-x 2 root 4.0K 2010-10-25 14:14 bin/
drwxr-xr-x 2 root 4.0K 2010-10-25 14:14 build/
drwxr-xr-x 2 root 4.0K 2010-10-25 14:14 cgi-bin/
drwxr-xr-x 4 root 4.0K 2010-10-28 15:54 conf/
drwxr-xr-x 3 root 4.0K 2010-10-25 14:14 error/
drwsrwxrwx 3 www 4.0K 2010-10-28 13:06 htdocs/
drwxr-xr-x 3 root 4.0K 2010-10-25 14:14 icons/
drwxr-xr-x 2 root 4.0K 2010-10-25 14:14 include/
drwxr-xr-x 3 root 4.0K 2010-10-25 14:14 lib/
drwxr-xr-x 3 root 4.0K 2010-10-28 16:11 logs/
drwxr-xr-x 4 root 4.0K 2010-10-25 14:14 man/
drwxr-xr-x 14 root 12K 2010-10-14 11:45 manual/
drwxr-xr-x 2 root 4.0K 2010-10-25 14:20 modules/
% ll /opt/apache2/conf
total 88K
drwxr-xr-x 2 root 4.0K 2010-10-28 15:55 extra/
drwxr-xr-x 3 root 4.0K 2010-10-25 14:14 original/
-rw-r--r-- 1 root 14K 2010-10-28 15:54 httpd.conf
-rw-r--r-- 1 root 13K 2010-10-25 14:14 magic
-rw-r--r-- 1 root 45K 2010-10-25 14:14 mime.types
% ll /opt/apache2/conf/extra
total 60K
-rw-r--r-- 1 root 179 2010-10-28 15:31 20_mod_fastcgi.conf
-rw-r--r-- 1 root 2.8K 2010-10-25 14:14 httpd-autoindex.conf
-rw-r--r-- 1 root 1.7K 2010-10-25 14:14 httpd-dav.conf
-rw-r--r-- 1 root 2.3K 2010-10-25 14:14 httpd-default.conf
-rw-r--r-- 1 root 1.1K 2010-10-25 14:14 httpd-info.conf
-rw-r--r-- 1 root 5.0K 2010-10-25 14:14 httpd-languages.conf
-rw-r--r-- 1 root 906 2010-10-25 14:14 httpd-manual.conf
-rw-r--r-- 1 root 3.8K 2010-10-25 14:14 httpd-mpm.conf
-rw-r--r-- 1 root 2.2K 2010-10-25 14:14 httpd-multilang-errordoc.conf
-rw-r--r-- 1 root 10K 2010-10-25 14:14 httpd-ssl.conf
-rw-r--r-- 1 root 817 2010-10-25 14:14 httpd-userdir.conf
-rw-r--r-- 1 root 1.8K 2010-10-28 15:55 httpd-vhosts.conf
Mas observe também que este não é um servidor ativo e eu construí esta instalação do apache especificamente para testar o Wt