EDIT : ERRADO ERRADO ERRADO.
No meu caso, o nome do arquivo não estava vazio, consistia em caracteres não imprimíveis. Consulte: Como você cria um arquivo com um nome vazio?
Resposta antiga
Você deve. Não sei como, mas criei um arquivo com um nome de arquivo vazio, duvido que houvesse um espaço em branco lá:
chaouche@karabeela /mnt/ubuntu/storage $ ls
total 352K
drwx------ 3 chaouche chaouche 4.0K Feb 12 11:00
drwxr-xr-x 4 chaouche chaouche 4.0K Apr 14 23:13 AUDIO
drwxr-xr-x 5 chaouche chaouche 4.0K Jul 20 22:25 BACKUPS
-rw-r--r-- 1 chaouche chaouche 310K Jun 15 13:00 cv_yassine_chaouche_2012.pdf
drwxr-xr-x 2 chaouche chaouche 4.0K Jun 10 22:16 Mageia-3-i586-DVD
drwxr-xr-x 5 chaouche 1001 4.0K Oct 12 2012 MUSIQUE
drwxr-xr-x 15 chaouche chaouche 4.0K Oct 27 2012 PARISVIII
drwxr-xr-x 6 chaouche chaouche 4.0K Jun 12 18:33 SABAYON
drwxr-xr-x 5 chaouche chaouche 4.0K Jun 15 13:23 SIFTECH
drwxr-xr-x 5 chaouche chaouche 4.0K Feb 6 15:11 TOILES
drwxr-xr-x 4 chaouche chaouche 4.0K Jul 17 17:21 VIDEOS
chaouche@karabeela /mnt/ubuntu/storage $
Perguntei no #linux como remover o arquivo e uma pessoa sugeriu que eu afastei todos os outros arquivos e use a conclusão da guia, o que deu um comportamento muito interessante:
# with tab completion
chaouche@karabeela /mnt/ubuntu/storage $ ls /
total 45M
-rwxr-xr-x 1 chaouche chaouche 34M Jan 16 2013 inkscape-0.48.4-1-win32.exe
-rwxr-xr-x 1 chaouche chaouche 8.6M Feb 4 11:42 mypaint-1.0.0-win32-installer.exe
-rwxr-xr-x 1 chaouche chaouche 2.7M Jan 17 2013 pdftkb_setup.exe
# without tab completion, wrote "/" by hand
chaouche@karabeela /mnt/ubuntu/storage $ ls /
total 212K
-rw-r--r-- 1 root root 0 Apr 15 2012 1
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec 9 2012 bin
drwxr-xr-x 3 root root 4.0K Jun 15 12:10 boot
-rw------- 1 root root 74K Jul 1 2011 dead.letter
drwxr-xr-x 19 root root 4.2K Jul 20 20:14 dev
drwxr-xr-x 117 root root 12K Jul 20 21:30 etc
drwxr-xr-x 4 root root 4.0K Jun 12 18:40 home
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K Jun 8 2011 initrd
drwxr-xr-x 20 root root 12K Dec 9 2012 lib
drwx------ 2 root root 16K Jun 7 2011 lost+found
drwxr-xr-x 4 root root 4.0K Jul 3 01:56 media
drwxr-xr-x 9 root root 4.0K Apr 15 00:06 mnt
drwxr-xr-x 8 root root 4.0K Jun 30 23:19 opt
dr-xr-xr-x 198 root root 0 Jun 15 13:10 proc
drwxr-x--- 28 root root 4.0K Jul 20 21:42 root
drwxr-xr-x 2 root root 12K Dec 9 2012 sbin
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K Apr 3 2011 srv
drwxr-xr-x 12 root root 0 Jun 15 13:10 sys
-rw-r--r-- 1 root root 0 Jun 12 18:40 thisismageia
drwxrwxrwt 69 root root 36K Jul 20 22:04 tmp
drwxr-xr-x 14 root root 4.0K Nov 6 2011 usr
drwxr-xr-x 18 root root 4.0K Jul 2 2011 var
chaouche@karabeela /mnt/ubuntu/storage $
Se houvesse um espaço em branco no nome do arquivo, ele seria substituído por \ "" quando eu pressione a tecla tab, mas não.