Você pode verificar se um arquivo está fragmentado ou não usando o filefrag
utilitário.
Dessa forma, você pode filtrar os arquivos que não estão fragmentados e fazer a cópia / cópia apenas para arquivos já fragmentados. Isso deve poupar algum tempo. No entanto, esteja ciente de que não há garantia de que o novo layout do arquivo será melhor que o antigo.
A melhor maneira é ignorar completamente a fragmentação de arquivos. Especialmente em um pendrive, isso pouco importa, apenas desperdiça ciclos de gravação e, ao contrário dos HDDs, não há partes móveis e, portanto, não é uma penalidade devido à fragmentação.
A desfragmentação só deve ser necessária se acontecer algo engraçado que cause a fragmentação dos arquivos de uma maneira muito extrema. Por exemplo, clientes de torrent que baixam o conteúdo do arquivo em ordem aleatória sem pré-alocar. Mas, a menos que o FAT comece a oferecer suporte a arquivos esparsos em algum momento, isso não é um problema, pois a pré-alocação é obrigatória em um FS.