Ocasionalmente tenho que matar -9. No entanto, se isso estiver acontecendo regularmente, você deve corrigir o problema que está causando o problema. Matar -9 significa que algo está errado.
Em geral, só vejo isso acontecer quando você entra no modo grave de thrash de memória, o que significa que você precisa de mais memória do sistema ou está dando muita memória ao Java quando inicia. No entanto, mais comumente, especialmente se você estiver desenvolvendo coisas, pode ver isso quando a memória "PermGen" fica sem memória.
http://www.brokenbuild.com/blog/2006/08/04/java-jvm-gc-permgen-and-memory-options/
Em qualquer caso, isso pode ocorrer devido a erros de OutOfMemory de algum tipo.
killall java