O que você está procurando é uma forma de cópia na gravação , em que vários arquivos com o mesmo conteúdo usam o mesmo espaço no disco até que um deles seja modificado. Os links físicos implementam apenas a cópia na gravação se o aplicativo que faz a gravação exclui o arquivo e cria um novo arquivo com o mesmo nome (o que geralmente é feito criando um novo arquivo com um nome diferente e movendo-o no lugar). O aplicativo que você está usando evidentemente não está fazendo isso: está substituindo o arquivo existente.
Alguns aplicativos podem ser configurados para usar a estratégia de substituição. Alguns aplicativos usam a estratégia de substituição por padrão, mas usam a estratégia de substituição quando veem um arquivo com vários links físicos, precisamente para não interromper os links físicos. Sua técnica atual de instantâneo funcionará se você puder configurar seu aplicativo para substituir em vez de substituir.
O Fl-cow modifica os programas para usar sistematicamente a estratégia de substituição em arquivos com vários links físicos.
Como alternativa, você pode armazenar seus arquivos em um sistema de arquivos que executa a cópia na gravação ou desduplicação, ou possui um recurso de captura instantânea, e não se preocupe com links físicos : Btrfs ou Zfs . Dependendo do seu esquema de particionamento, o uso de snapshots do LVM pode ser uma opção.
Minha recomendação é usar uma ferramenta de instantâneo adequada. Fazer backups confiáveis é surpreendentemente difícil. Você provavelmente quer o rsnapshot .