Você deve conseguir isso com o AppArmor , que permite bloquear o acesso com base no nome do caminho. O tipo de sistema de arquivos não desempenha nenhum papel nesse caso.
Outra opção é, obviamente, usar outro visualizador de PDF. Se você insistir em tê-lo no navegador, por exemplo, o Firefox da versão 19 em diante possui um JavaScript embutido.
Você também pode hackear o plugin como mencionado no bug do Ubuntu . Agora me lembro de fazer isso há muito tempo (ou o bug existe há séculos ou foi reintroduzido recentemente), quando eu ainda o estava usando. Se você possui o Perl instalado, pode "consertar" o plug-in com:
perl -p -e 's,C:\\nppdf32,/dev/null\0,' /usr/lib/browser-plugins/nppdf.so
(pode ser necessário atualizar o caminho para o arquivo para sua distribuição).