diretório etc
Para rastrear alterações em seu /etcdiretório, você pode fazer o que o @Anthon sugeriu e usar git, subversion, mercurial etc. para controlar a versão desse diretório. Você também pode usar uma ferramenta como o etckeeper . Há um tutorial aqui e aqui .
O etckeeper é uma coleção de ferramentas para permitir que o / etc seja armazenado em um repositório git, mercurial, bazar ou darcs. Ele se conecta ao apt para confirmar automaticamente as alterações feitas no / etc durante as atualizações do pacote. Ele rastreia os metadados de arquivo aos quais o git normalmente não suporta, mas isso é importante para o / etc, como as permissões de /etc/shadow. É bastante modular e configurável, além de ser simples de usar, se você entender o básico de como trabalhar com controle de versão.
arquivos de pacote
Que eu saiba aptnão tem como verificar os arquivos no disco x os arquivos que estão no real .deb. Nem dpkga ferramenta queapt realmente está usando para gerenciar os arquivos.
No entanto, você pode usar uma ferramenta como debsumsa de comparar alguns dos arquivos que você instalou, mas apenas analisa as somas de verificação (md5sum) do conteúdo da.deb arquivo x do disco do sistema.
Veja esta questão de falha do servidor para obter mais detalhes sobre debsume dpkgsoma de verificação, bem como esta questão do askubuntu .
debsum exemplo
% debsums openssh-server
/usr/lib/openssh/sftp-server OK
/usr/sbin/sshd OK
/usr/share/lintian/overrides/openssh-server OK
/usr/share/man/man5/sshd_config.5.gz OK
/usr/share/man/man8/sshd.8.gz OK
/usr/share/man/man8/sftp-server.8.gz OK