Há muita documentação e discussão sobre isso na rede.
A resposta curta de que existem profundas diferenças ideológicas entre o projeto GNU e os projetos do kernel Linux, que impedem uma possível unificação.
O foco da FSF, a organização por trás do Projeto GNU, está na pureza ideológica com relação à idéia de software livre. Isso se baseia em grande parte na visão do fundador da FSF / GNU, Richard Stallman. Além disso, como os cachinhos dourados mencionaram, a FSF agora é principalmente uma organização de defesa política. Há muito tempo, a FSF não coloca recursos significativos no Projeto GNU, embora eles forneçam infraestrutura de suporte.
O projeto do kernel Linux tem uma postura muito mais pragmática sobre a liberdade de software, novamente em grande parte decorrente de seu fundador, Linus Torvalds. O projeto do kernel Linux é principalmente um projeto de software livre, composto por desenvolvedores de software especializados em desenvolvimento de kernel / OS e, em nenhum aspecto, uma organização de defesa política.
Como exemplos específicos de como essas ideologias se desenrolam na prática, considere
1) Que Stallman considera inaceitável o fato de o projeto Debian "anunciar" software não livre, mantendo a parte não livre de seu arquivo de software. Isso é irônico, já que o projeto Debian se concentra na liberdade de software que é bastante semelhante à FSF, embora não seja tão ideologicamente rígida.
2) Que o kernel do Linux permite que módulos binários (não livres) do kernel sejam usados com o kernel. Embora os desenvolvedores do kernel não estejam entusiasmados com isso, eles toleram, mas é difícil imaginar a FSF fazendo isso.
Também é importante notar que a tentativa de Stallman de nomear os sistemas operacionais baseados no kernel Linux como GNU / Linux provavelmente não melhorou as relações entre a FSF e a comunidade de kernel Linux, embora eu não tenha dados específicos sobre isso.
Além de qualquer outra coisa, como o goldilocks menciona, a FSF tem várias regras às quais um projeto GNU deve estar em conformidade. Isso inclui a atribuição de direitos autorais de todo o código à FSF. Isso por si só seria um rompimento de acordos, uma vez que Linus Torvalds nunca exigiu tal atribuição de direitos autorais. Portanto, se o kernel Linux se tornar parte do projeto GNU, todas as contribuições significativas para o kernel Linux deverão ter seus direitos autorais atribuídos à FSF. Dada a idade e o tamanho do projeto, e o número de colaboradores, isso é basicamente impossível. Projetos muito menores e mais jovens (por exemplo, Mercurial) descobriram que o software relicensing uma tarefa assustadora.
Observe que esta resposta não é de forma alguma uma crítica aos desenvolvedores do kernel da FSF ou Linux. Ambos os lados têm seus próprios pontos de vista válidos. No entanto, a realidade da situação é que eles são, em certa medida, pontos de vista incompatíveis.