O Chromium obedece às configurações de xdg em todo o sistema. Para configurar links magnéticos de abertura com um aplicativo personalizado, use o seguinte comando
xdg-mime default transmission-gtk.desktop x-scheme-handler/magnet
Você também pode fazer isso manualmente: Abra o arquivo ~/.local/share/applications/mimeapps.list
e adicione a seguinte entrada na seção [Default Applications]
:
x-scheme-handler/magnet=transmission-gtk.desktop
Você pode confirmar a nova configuração com
xdg-mime query default x-scheme-handler/magnet