Respondendo às suas perguntas, uma por uma:
Por que você não precisa desfragmentar um sistema Linux? Porque está usando o sistema de arquivos ext2 / ext3 ou porque é Linux?
Como o ext2 / 3/4 tem uma abordagem diferente sobre os arquivos e pastas, eles quase não são fragmentados. Outros já responderam e você pode ler mais detalhes aqui
Isso é relevante, porque você tem um sistema de inicialização dupla (W7 / Ubuntu) e uma partição comum (NTFS) que pode ser acessada pelos dois sistemas. Se eu estiver usando esta partição com o Linux, ela será fragmentada?
Sim, pode ficar fragmentado. Não importa se o Windows ou Linux ou qualquer outra coisa está acessando, é como cada sistema de arquivos lida com o tamanho do arquivo, como armazena todos esses blocos, se deixa espaços vazios entre cada arquivo ...
Outra questão são os contêineres Truecrypt. Eu também os acesso com Linux e Windows, e eles são FAT32. Eles ficam fragmentados pelo Linux operando neles?
Os contêineres Truecrypt são um arquivo, para todos os assuntos práticos. Ao criar um contêiner usando TrueCrypt, você está criando um arquivo do tamanho que escolher. Para o seu sistema operacional, é como qualquer outro arquivo. Se você fizer cópias, etc., talvez as cópias possam acabar sendo salvas fragmentadas.
Mas lembre-se de que nunca é bom ter várias cópias do mesmo contêiner; isso pode ajudar a reduzir a segurança dele. Sempre faça um novo recipiente.
Quando você salva, exclui, copia, move, etc, arquivos dentro do contêiner, os sistemas operacionais não sabem disso, é o mesmo que abrir, editar e salvar qualquer outro arquivo, sem alterar seu tamanho.
E se você estiver preocupado com a segurança do truecrypt sobre a fragmentação, faça uma pesquisa sobre o uso do truecrypt com SSDs: como o SSD tenta aumentar o desgaste de toda a memória nele, você pode ter o mesmo efeito de copiar o contêiner.