O Visio é uma ótima ferramenta para criar diagramas, fluxogramas, prototipagem etc. Mas é apenas para Windows e não é gratuito. Existem ferramentas gráficas para Linux que podem executar muitas dessas mesmas tarefas?
graphviz
é a opção se você deseja "gerar" diagramas, quero dizer automaticamente. Mas se você quiser desenhar interativamente, acho que o dia é ótimo.
graphviz
uma resposta séria, mas temo que eu possa ter votos negativos.