Uma alternativa é usar um programa devilspiepara fazer isso. Caso você nunca tenha ouvido falar de devilspie:
excerto
Um utilitário de correspondência de janelas, inspirado na opção “Matched Windows” do Sawfish e na falta de funcionalidade no Metacity. A falta de correspondência na janela do Metacity não é uma coisa ruim - a Metacity é um gerenciador de janelas enxuta e a correspondência de janelas não precisa ser uma tarefa do gerenciador de janelas.
A torta do diabo pode ser configurada para detectar janelas à medida que são criadas e corresponder a janela a um conjunto de regras. Se a janela corresponder às regras, poderá executar uma série de ações nessa janela. Por exemplo, posso fazer com que todas as janelas criadas pelo X-Chat apareçam em todos os espaços de trabalho e a janela principal do Gkrellm1 não apareça no pager ou na lista de tarefas.
Deve estar no repositório da maioria das distribuições.
Exemplo
Então, para centralizar uma xtermjanela vimdentro dela, faça o seguinte.
Faça a sua configuração de torta do diabo. dir.
$ mkdir ~/.devilspie
Crie um .dsarquivo especificando sua regra de torta do diabo
$ cat ~/.devilspie/something.ds
(if
(matches (application_name) "vim")
(begin
(geometry "600x400")
(center)
)
)
Corra devilspie. Eu gosto de executá-lo no modo de depuração ( -d) para iniciar.
$ devilspie -d
Devil's Pie 0.22 starting...
Loading /etc/devilspie
/etc/devilspie doesn't exist
Loading /home/saml/.devilspie
Loading /home/saml/.devilspie/something.ds
1 s-expressions loaded.
Execute nosso xtermcom vim.
$ xterm -e vim

Qual é o nome da minha janela?
Você pode usar o comando xlsclient -lpara obter uma lista de janelas abertas. Acho que é a maneira mais fácil de determinar o nome de uma janela para incorporação devilspie. Você também pode querer usar xwininfotambém.
Exemplo
$ xlsclients -l|less
...
Window 0x6800023:
Machine: grinchy
Name: vim
Icon Name: vim
Command: xterm -e vim
Instance/Class: xterm/XTerm
...
Você pode controlar um nome de janela como este:
$ xterm -title WeirdWindow -e vim
Referências