Todos os outros diretórios no root parecem ser exatamente o que alguém poderia imaginar,
Há também / var, / mnt e / opt;)
mas esses dois parecem estranhos, eu sempre os adivinharia como usuário e temp.
Quase lá. Como Shawn disse, "usuário" significa "Universal System Resources" (embora outros recursos, de acordo com o google, indiquem "Unix System Resources").
Existe alguma razão histórica para as grafias?
Atalhos, abreviações. Lembre-se de que os comandos em qualquer sistema operacional se destinam a acessar de forma interativa e programática. Especialmente na administração de sistemas em que o script rápido é uma das principais preocupações, abreviações, mnemônicos são tão bons (ou até melhores) que a palavra / comando com grafia completa.
Além disso, antigamente, se você estivesse se conectando remotamente através de um modem lento como o melaço, barbear algumas vogais aqui e ali tornaria sua vida mais fácil (ou menos infeliz se você fosse um administrador de sistemas tentando descobrir o que diabos está errado com uma caixa remota.)
Como dito anteriormente, não é exclusivo para / usr e / tmp (consulte / var, / mnt e / opt).
Além disso, não é exclusivo do Unix. Veja o DOS, por exemplo (chkdsk, por exemplo.) Mnemônicos em que você raspa vogais são um conceito poderoso e útil.
Mesmo em línguas naturais (como as línguas semíticas), o conceito existe (onde a raiz das palavras é universal e quase inequivocamente identificada por grupos de três consoantes). É um mecanismo humano inato para gerenciar informações.