O uso rsyncé bastante seguro em sistemas de arquivos montados para leitura e gravação. Quando rsyncé iniciado, ele cria uma lista de arquivos e começa a copiar esses arquivos. Esta lista de arquivos não está sendo atualizada durante a execução. Os dados reais são copiados.
Isso significa que quando um arquivo é alterado após rsync a criação da lista de arquivos, ele copia o novo conteúdo. No entanto, quando um novo arquivo é adicionado após a rsynccriação de sua lista de arquivos, esse novo arquivo não é copiado. Se um arquivo for excluído depois de rsynccriar a lista de arquivos, o rsync avisará que não foi possível copiar esse arquivo. Lembre-se de que rsyncnão é um instantâneo, isso significa que é difícil saber em que momento rsyncos dados foram copiados.
As capturas instantâneas do sistema de arquivos ou do gerenciador de volumes (por exemplo, usando ZFS ou LVM), são criadas instantaneamente e são uma captura instantânea consistente do sistema de arquivos em um momento bem definido que pode ser copiado para outro host. rsyncnão oferece esse tipo de consistência.
EDIT: Como outros salientaram nos comentários, há uma chance de que rsyncpossa realmente corromper seu arquivo. Quando o rsync começa a ler um arquivo e um aplicativo está gravando esse arquivo ao mesmo tempo, você pode acabar com um arquivo corrompido.