Eu fiz exatamente isso muito recentemente.
Compilei o openssl-1.0.something da fonte em um sistema Linux Slackware 11.0. Eu queria consertar a coisa de login por senha para pausar por 7 segundos em um login com falha, de modo a impedir aqueles irritantes adivinhos de senha ssh em chinês.
Compilei o Apache httpd 2.2.17 no mesmo sistema Slackware 11.0 porque ele veio com o Apache 2.0.something e queria usar o 2.2.x httpd.conf de outro sistema.
Pensando bem, eu também compilei o Alpine 2.0 (cliente de email, sequência de pinho) para o mesmo sistema. Por que o Slackware 11.0? Ele está rodando em uma máquina de 2003 com gráficos Intel "Brookdale", e qualquer Slackware posterior simplesmente não suporta gráficos mal documentados da Intel.
Em uma máquina diferente, peguei o suporte para chip sem fio TI ACX111 do github e compilei um novo driver, permitindo que eu usasse uma placa sem fio de US $ 9.
Eu também costumo recompilar kernels do Linux para especificá-los para a máquina na qual eles são executados.
Portanto, no meu caso, há várias razões de personalização, suporte de hardware e "apenas porque".
Dado o que sabemos sobre epidemiologia em uma população uniforme (http://www.usenix.org/publications/login/2005-12/openpdfs/geer.pdf), por que nem todos compilam a partir da fonte em seus próprios sistemas, com qualquer opções de tempo de compilação que eles escolhem? Isso criaria uma população muito mais resistente a vírus e worms.