No arquivo filetype.vimenviado com sua distribuição, você encontrará uma linha que provavelmente se parece com esta (na minha máquina em que reside /usr/share/vim/vim74):
au BufNewFile,BufRead *.md,*.m2,*.mi setf modula2
Agora, isso diz ao vim para definir o tipo de arquivo como modula2 se o seu arquivo tiver esse final.
Para substituir esse comportamento, você pode colocar uma linha como esta .vimrc(Tirada do arquivo de arquivo Archlinux.vim):
au BufNewFile,BufRead *.markdown,*.mdown,*.mkd,*.mkdn,*.mdwn,*.md set ft=markdown
Editar:
Eu tinha anteriormente setfa função a ser chamada, mas parece ser uma função reservada para o filetype.vimarquivo.
.mdestá sendo visto como remarcação