Melhor do que quase bom é o AviSynth: http://avisynth.nl/index.php/Main_Page .
Basicamente, você escreve um Script e, em seguida, abre o Script em um Player. O script pode alterar a entrada de várias maneiras e existem muitos milhares de plugins. Existem alguns Forks, incluindo alguns Editores de aparência 'tradicional' que usam o AviSynth sob o capô.
Depois de ajustar o Script com precisão, você simplesmente 'copia' o Script (possivelmente com Ffmpeg) e renderiza uma versão final.
Inclui recursos para expressar exatamente (para o pixel e o quadro) o que você deseja. Uma curva de aprendizado não muito ruim e muitos exemplos disponíveis. Durante vários anos de uso, não descobri nenhum bug, mas aparentemente outros encontraram alguns que foram corrigidos desde então. Código aberto e sua assistência é bem-vinda.
Geralmente usado em conjunto com o VirtualDub para fornecer uma GUI.