Não sou advogado nem trabalhei diretamente na produção profissional de vídeos.
Dito isto,
Em uma situação típica em que, digamos, um cinegrafista está trabalhando para uma produtora que, por sua vez, está sendo contratada por outra entidade, o cinegrafista provavelmente não teria direitos sobre as filmagens que filma, mas provavelmente haveria uma cláusula em sua contrato que lhe concede o direito de usar imagens em um portfólio.
A empresa de produção negocia com o cliente para decidir se ele será o proprietário de todas as imagens brutas na conclusão do projeto ou apenas do produto final.
Se sua situação não possui nenhum contrato que mencione a propriedade, bem, essa não é uma situação em que eu gostaria de estar. Se você está sozinho sendo contratado para filmar, produzir e entregar um vídeo final para a empresa , então você pode ter direitos sobre as imagens. No entanto, se a empresa estiver produzindo o vídeo internamente e você simplesmente estiver lá para gravá-los, provavelmente não terá direitos sobre as imagens brutas. Por outro lado, se esse é um estágio para um curso universitário, pode ser que SUA ESCOLA seja a proprietária dos direitos de sua matéria-prima. Você terá que descobrir isso.
Você NÃO deve fazer marca d'água de nada, a menos que tenha assinado algo que permita especificamente fazê-lo. Isso apenas deixará as pessoas com raiva, e isso não é bom para ninguém, a menos que você esteja preparado para entrar em uma batalha legal cara.
O fato de você estar mantendo todas as imagens brutas no momento não significa necessariamente que você tem os direitos.
Francamente, o fato de ser um estágio acadêmico (e, portanto, não remunerado, imagino) me faz pensar que o "contrato genérico" que você assinou significa essencialmente que você faz o que quer que eles querem e recebe uma nota por isso. Fim da história - eles possuem as imagens. Além disso, quando você já viu os cinegrafistas creditados nas filmagens que eles filmaram? Somente no final dos longas-metragens e no portfólio do cameraman; nunca em um vídeo promocional.
No entanto, acredito que você tem justificativa em querer manter o uso de suas imagens para seu portfólio profissional. Se eles vão invejá-lo, acho que você tem um argumento justo a fazer quando estudante, e seu professor orientador deve ser capaz de atestar e negociar em seu nome.