Curioso ... as versões recentes do KDEnlive praticamente empurram essa opção quando você adiciona um clipe com propriedades diferentes do projeto.
Se a opção foi desativada na sua configuração, você pode ativá-la novamente acessando Settings
-> Configure KDEnlive
-> Misc
(selecionada por padrão) ->[ ] check if first added clip matches project profile
Estou usando esta opção na versão 0.9.6 no Debian, mas já vi esse comportamento na 0.9.4 e provavelmente nas versões mais antigas.
Além disso, se em algum momento você se acostumou a descartar essa janela de pergunta engraçada, você imediatamente ao adicionar um clipe, tente controlar o desejo dessa vez - a questão é se o KDEnlive deve ajustar as propriedades do projeto, que é o que você deseja ;-)
(não fique com raiva de mim, se você acha que essa última parte é estúpida, eu já dei suporte ao usuário ocasionalmente e já vi pessoas fazendo isso ;-)